La gestion de l’officine

Mise à jour : décembre 2025

La gestion comptable

Logiciels de caisse

Depuis le 1er janvier 2018, les commerçants et professionnels assujettis à la TVA qui utilisent un logiciel de caisse ou système de caisse doivent utiliser un logiciel sécurisé satisfaisant aux conditions d’inaltérabilité, de sécurisation, de conservation et d’archivage des données.

Ces conditions sont attestées par un certificat délivré par un organisme accrédité ou par une attestation individuelle délivrée par l’éditeur. L’éditeur du logiciel doit émettre une attestation ou demander une certification.

Analyse des achats et des frais

L’analyse des différents types de factures (marchandises, frais généraux, investissements…) permet de se donner une idée intéressante et importante à la fois sur les achats de produits pour revente, mais aussi sur l’ensemble des frais nécessaires à l’exploitation de l’officine. Cela permet aussi d’appréhender la typologie de la pharmacie et ses activités (exemple : analyse par taux de TVA).

Grâce à l’analyse des achats de marchandises, on peut remarquer la ventilation par catégorie de produits, les remises accordées compte tenu des marchés traités (conditions commerciales selon les gammes de produits), les délais et modalités de règlement…

De l’analyse des autres factures, il peut être observé les différents contrats signés par l’officine pour sa bonne gestion (baux, locations de matériel, contrats de maintenance…).

L’ensemble des factures doit être enregistré ; cela peut se faire à l’aide d’un logiciel comptable ou saisi sur un tableau Excel pour un enregistrement futur. Ceci constitue la tenue du journal des achats.  Dès le 1er septembre 2026, une réforme a été mise en place. Ainsi, la facture électronique est un fichier dématérialisé remplaçant la facture papie. Les factures arrivent donc par voie électronique à l’officine. Au premier septembre  2027 cela s’appliquera aussi pour l’émission de facture par l’officine.

Qu’il s’agisse d’achats ou de frais généraux, chaque facture intègre des montants hors taxes ainsi qu’une TVA qui sera récapitulée pour réaliser la déclaration de TVA mensuelle (TVA encaissée moins TVA décaissée). En cas de ventes supérieures aux achats, la différence de TVA doit être reversée à l’État par la Pharmacie. En cas d’achats supérieurs aux ventes, c’est un crédit de TVA qui est enregistré, qui sera déduit des prochains règlements à effectuer.

Analyse des achats et des recettes

Les pharmacies sont dotées de systèmes informatiques performants qui permettent une bonne analyse du chiffre d’affaires. Celui-ci se compose principalement des factures subrogatoires qui correspondent à la vente des médicaments prescrits et remboursés, et aussi des encaissements réalisés par espèces, chèques ou cartes bancaires, virements, voire chèque ou carte APA correspondant aux autres ventes. 

L’ensemble des ventes réalisées par une pharmacie génère une TVA à payer à l’administration fiscale. Elle est au taux de 2.10% sur tous les médicaments remboursables et certains médicaments non remboursables agréés aux collectivités, de 5.5% sur un certain nombre d’articles de la LPPR (les orthèses remboursables par exemple), les compléments alimentaires, les laits infantiles (sauf exception) et 10% sur la majeure partie des médicaments  non remboursables et enfin 20% sur le reste de l’activité. Le paiement de la TVA auprès de l’administration fiscale se fait à la délivrance du produit et non à son encaissement (la TVA est due même si les produits ne sont pas payés, notamment compte tenu du délai de paiement de la Sécurité sociale et des mutuelles). 

Le taux de TVA 0% correspond à l’exonération de TVA sur les prestations de soins à la personne, c’est-à-dire toutes les prestations qui concourent à l’établissement des diagnostics médicaux ou au traitement des maladies humaines. (article 261 du Code général des impôts)

Dans certaines situations d’urgence, comme cela a été le cas pendant la pandémie de Covid,  le pharmacien peut être amené à vendre des produits de santé ou facturer des prestations exonérées de TVA (masques, gels hydroalcooliques, délivrance de vaccins à des professionnels de santé).

Chaque mouvement de trésorerie sur le compte bancaire fait l’objet d’un enregistrement comptable. Le titulaire est tenu d’avoir un journal de caisse à jour. Celui-ci peut-être, soit informatisé. Il doit y être mentionné tous les mouvements d’espèces, soit en recettes, soit en dépenses, jour après jour.

La gestion du personnel

Le personnel constitue la force vive de l’officine. Il appartient donc au titulaire de motiver, d’accompagner, de gérer et d’organiser ce capital dans une logique de qualité, de performance et de résultat.

Gérer

Connaître les tâches administratives lors de l’embauche :

  • Le contrat de travail ; 
  • La fiche de poste ;
  • La déclaration préalable à l’embauche ;
  • L’adhésion au centre de médecine du travail et la visite médicale ;
  • Le bulletin de salaire, élaboration ou transmission des informations à un cabinet d’expertise comptable ;
  • Le paiement des charges sociales et fiscales sur les salaires selon les échéances (mensuelles, trimestrielles ou annuelles) ;
  • Le plan de formation ;
  • Les contrats aidés (apprentissage…).

Organiser

Appréhender la qualification du personnel, qu’elle soit en adéquation avec les besoins de l’officine et le respect de la législation ;

Affecter correctement les tâches en fonction des compétences ;

Gérer un plan de formation ;

Organiser les plannings afin de couvrir les horaires d’ouverture et de respecter les périodes de pointes (horaires des professionnels de santé à proximité) ;

Organiser les départs en congés payés pour assurer la qualité de l’accueil des patients et respecter les dispositions légales (présence obligatoire d’un pharmacien dans l’officine).

Accompagner

Diriger au quotidien, connaître la convention collective ;

Formation continue (DPC pour les pharmaciens et pour les préparateurs par période triennale), et certification qui s’applique aux professionnels diplômés depuis 2023, sur une période de 6 ans.

Entretiens d’évaluations: entretien annuel

Entretiens professionnels tous les 2 ans pour définir un plan de carrière avec le salarié

Déterminer des profils de poste et faire une fiche de fonction pour le salarié. (voir le chapitre DQO)

Motiver et fidéliser

L’objectif étant de prendre conscience de l’importance du poste « personnel » afin d’en maîtriser la dépense.

  • Avantages financiers (salaires, primes…) ;
  • Avantages non financiers (responsabilités, délégations, horaires…).

Conservation des documents

La durée de conservation des documents liés à l’activité pharmaceutique de l’officine est réglementée et identique, que le support soit informatique ou papier. 

La durée de conservation est de 3 ans pour :

  • Les copies d’ordonnance de médicaments classés comme stupéfiants ou relevant de la réglementation des stupéfiants (Art. R. 5132-35 CSP),
  • Les commandes pour usage professionnel de médicaments stupéfiants (Art. R.5132-32 CSP),
  • Les factures d’acquisition des médicaments relevant des listes I, II et des médicaments classés comme stupéfiants (Art. R.5132-19 CSP),
  • Les originaux d’ordonnances de préparations magistrales contenant des sels insolubles de bismuth (Arrêté du 28 mars 1977),
  • Les commandes ou reçus de substances ou préparations destinées à un usage non thérapeutique, de produits classés très toxiques, toxiques, cancérogènes, tératogènes ou mutagènes (Art. R. 5132-58 CSP).
  • La durée de conservation est de 5 ans pour les bons de traçabilité des lots de médicaments ou autres produits pharmaceutiques acquis (Art. R. 5124-58 CSP).

La durée de conservation est de 10 ans pour :

  • Le registre des médicaments relevant des listes I, II et des stupéfiants (Art. R.5132-10 CSP),
  • Le registre comptable des médicaments stupéfiants, les documents attestant de leur destruction (Art. R. 5132-36 CSP),
  • Le registre des préparations magistrales ou officinales (Art. R.5125-45 CSP).
  • L’enregistrement ou les factures de substances ou préparations destinées à un usage non thérapeutique de produits classés très toxiques, toxiques, cancérogènes, tératogènes ou mutagènes (Art. R. 5132-59 CSP).

La durée de conservation est de 40 ans pour le registre spécial des médicaments dérivés du sang (Art. R.5121-195 CSP).

Les documents relatifs à la gestion des préparations à l’officine sont conservés selon les conditions énoncées dans les Bonnes Pratiques de Préparation en vigueur ou définies selon la réglementation interne à l’officine (Bonnes pratiques de préparations 2023).

La réglementation ne précise pas la durée de conservation du volet n°4 des ordonnances des médicaments d’exception (Arrêté du 26 juin 2006).

NB : Ne sont pas traitées ici les obligations résultantes, notamment, de l’application des règles comptables, fiscales ou relatives au Code du travail, etc.